- 기구신설 : 영월,해남교소도,밀양구치소,법무연수원 연구개발팀 신설 - 명칭변경 : 김천교도소→김천소년교도소, 천안소년교도소→천안교도소, 의정부출입국관리사무소→양주출입국관리사무소

- 출입국,외국인정책본부장 : 개방형 직위→자율직위 - 부산출입국관리사무소장 : 자율직위→개방형 직위

- 일선 교정기관 부서명 정비(보안관리과→보안과, 작업훈련과→직업훈련과 등) - 천안소년교도소 천안지소 폐지, 천안소년교도소 내 '국제협력과' 신설

- 국정과제를 효율적으로 수행하기 위한 체계 구축 및 조직체계의 간소화 등을 위하여 유사하거나 중복된 기능을 통폐합하여 본부의 하부조직을 대과 체제로 전환 - 청주소년원, 화성직업훈련교도소, 밀양,영덕,남원 보호관찰지소 신설 - 국민들이 알기 쉽도록 본부 43부서 중 25부서 명칭 변경 - 5과 폐지 여성아동과(인권정책과), 교육교화팀(사회복귀과), 경비정책팀(보안과), 국제이민협력팀(출입국심사과),외국적동포팀(사회통합관) ※ ()은 통합부서

- 인권국장 : 개방형 직위→자율직위 - 치료감호소 의료부장 : 자율직위→개방형 직위

- 위치추적관제센터 신설 : 안양,영월,공주,제천,상주,거창,해남 등 7개 보호관찰지소 신설, 서울소년원 창업지원과 폐지 및 교육정보관리과 신설, 서울교정청 전산관리과 신설

- 법무부 교정본부 과(팀)명칭 변경 : 교정기획과→교정기획팀, 보안관리과→수용기획팀, 보안경비과→경비정책팀, 작업훈련과→근로직능개발팀, 교육교화과→교육교화팀, 복지지원과→복지후생팀, 사회복귀지원과→사회복귀지원팀, 보건의료과→의료처우팀, 분류처우과→분류처우팀

- 법무부 교정국(1국 1심의관 6과)→교정본부(1부 2정책관, 9과)로 확대 개편됨 (신설과 : 사회복귀지원과, 분류처우과, 보건의료과)

- 국장급 계급 폐지하고 고위공무원단으로 변경· 법무부 40개 직위, - 검찰청 25개 직위 - 개방형 직위 1개(법무연수원 교정연수부장) 추가

- 성과관리팀 신설 : 정부업무평가 및 성과관리 담당 - 기관명칭 변경 : 수원구치소 평택구치지소→수원구치소 평택지소, 대전교도소 논산구치지소→대전교도소 논산지소, 천안소년교도소 천안구치지소→천안소년교도소 천안지소, 홍성교도소 서산구치지소→홍성교도소 서산지소

- 인권국(인권정책과, 구조지원과, 인권옹호과) 신설 - 서울출입국관리사무소 세종로출장소 신설

- 대검찰청 첨단범죄수사인력 및 마약수사인력 증원 - 고등검찰청 및 지방검찰청 인력증원

- 국적난민과·외국적동포과 신설 - 본부 과 명칭 변경 - 검찰국 : 검찰제1과→검찰과, 검찰제2과→형사기획과, 검찰제3과→공공형사과, 검찰제4과→국제형사과, 연구검사실→형사법제과 감찰관실 : 감찰담당관→감찰기획관 - 교정국 : 교정과→교정기획과, 보안제1과→보안관리과, 보안제2과→보안경비과, 작업지도과→작업훈련과, 교화과→교육교화과, 관리과→복지지원과 - 출입국관리국 : 출입국기획과→출입국기획과, 입국심사과·출국관리과→출입국심사과, 체류심사과→체류정책과, 조사집행과(체류 및 입국심사 기능 일부)

- 포항교도소 신설, 순천교도소 소록도지소 기관폐지 - 청송보호감호소→청송제3교도소로 명칭변경 - 부산보호관찰소 울산지소→울산보호관찰소로 기관승격 - 각급 보호관찰소의 하부조직을 팀제로 전면개편 - 부산·수원보호관찰소에 조사팀 신설 - 충주소년원 및 대구소년분류심사원 기관 폐지

- 정책홍보 기능을 강화하기 위하여 기획관리실과 공보관실을 정책홍보관리실로 통합·신설 - 기획예산담당관실을 재정기획관실로 명칭 변경

- 대검찰청 과학수사과, 중수부제3과, 특별수사지원과, 공안제3과 폐지, - 강력부와 마약부를 마약·조직범죄부로 통합, - 과학수사기획관, 과학수사제1담당관, 과학수사 제2담당관 신설, - 컴퓨터수사과를 첨단범죄수사과로, 강력과를 조직범죄과로 변경 - 서울중앙지방검찰청 소년부, 공안제2과, 외사수사과 폐지, - 강력부와 마약수사부를 마약·조직범죄수사부로 통합, - 형사제8부, 공판제2부,금융조사부, 집행제2과, 피해자지원과 신설, - 컴퓨터수사부를 첨단범죄수사부로, 수사제3과를 수사지원과로, 강력과를 조직범죄수사과로, 공판사무과를 공판과로 변경 서울 동부·남부·북부·서부지방검찰청의 공안과를 폐지하고, 조사과와 공판과를 신설 - 의정부지방검찰청에 공판송무과 신설 인천지방검찰청의 조사부,공안과, 강력과를 폐지,강력부와 마약수사부를 마약·조직범죄수사부로 통합,형사제4부, 형사제5부, 공판송무과 신설 - 수원지방검찰청의 조사부, 공안과, 강력과를 폐지, 형사제4부를 신설, - 강력부를 마약·조직범죄수사부로 변경 대전지방검찰청의 공안과를 폐지하고, 조사과를 신설 - 청주지방검찰청의 공안과를 폐지 - 대구지방검찰청의 총무부, 조사부, 공안과를 폐지, 형사제4부, 형사제5부, 공판과를 신설, 강력부를 마약·조직범죄수사부로 변경 - 부산지방검찰청의 총무부, 조사부, 공안과를 폐지하고,형사제5부를 신설, - 강력부와 마약수사부를 마약·조직범죄수사부로 통합, 수사제2과를 수사지원과로, 강력과를 조직범죄수사과로, 공판사무과를 공판과로 변경 - 창원지방검찰청의 공안과를 폐지하고, 조사과를 신설 - 광주지방검찰청의 조사부, 공안과, 강력과를 폐지, 형사제3부, 공판과 신설, - 강력부를 마약·조직범죄수사부로 변경 - 전주지방검찰청의 공안과를 폐지 - 부산지방검찰청 동부지청의 공안과를 폐지 - 서울중앙·인천·수원·대구·부산지방검찰청의 제1차장검사 분장사무를 제2차장검사가, 제2차장검사 분장사무를 제1차장검사가 관장(단, 서울중앙지검의외사부는 제3차장검사 관장) - 천안·포항·진주·군산

- 서울·부산·대구·인천·광주·대전·수원보호관찰소에 사회봉사·수강명령 - 집행전담부서인 집행과 신설 - 청주·창원·전주보호관찰소에 각각 사무과 및 관찰과 신설 - 서울보호관찰소에 동부지소 및 북부지소 신설

- 법무부 장관 직속으로 감찰관 및 감찰담당관 신설 - 혁신인사담당관을 「혁신인사기획관」으로 명칭변경

- 청송제1보호감호소를 청송직업훈련교도소로, 청송제2보호감호소를 청송보호감호소로, 김천소년교도소를 김천교도소로 명칭변경

- 청주외국인보호소 및 춘천출입국관리사무소 고성출장소 신설 - 보호관찰소에 두는 과의 명칭중 관호과를 「관찰과」로 변경함

- 기획관리실에 「혁신인사담당관실」 신설

- 보호관찰소 3개 신설(서울 고양지소, 춘천 원주지소, 대전 천안지소)

- 치료감호소에 약물중독재활센터 신설

- 충주 통영구치소 신설

- 창원소년원 신설 - 대전소년분류심사원 및 안산의료소년원을 대전의료소년원 및 안산소년원으로 기능 조정

- 수원출입국관리사무소(2004.1.1부) 및 인천공항출입국관리사무소 김포출장소 신설

- 부산출입국관리사무소 감천출장소 신설

- 서울지방검찰청 고양지청 신설 (3.1부)

- 수원보호관찰소 안산지소, 청주보호관찰소 충주지소 신설

- 안산의료소년원 신설(2002.10.1부)

- 서울소년원 창업지원과 신설

- 홍성교도소 서산구치소 신설

- 인천지검에 마약수사부 신설 - 부산지검에 외사부 신설 - 서울지방검찰청 동부지청 등 6개 지청의 서무과의 명칭을 총무과로 변경 - 수원지방검찰청 안산지청에 차장검사 신설

- 인천보호관찰소에 2개과(사무과, 관호과) 신설 - 보호관찰소 지소2개(인천부천, 전주군산) 신설 - 수원교도소를 여주교도소로 명칭 및 위치변경 - 서울출입국관리사무소 평택출장소 신설

- 대검찰청에 마약부 신설 - 서울·부산지방검찰청에 마약수사부 신설 - 인천·부산지방검찰청에 마약수사과 신설 - 대검찰청에 특별수사지원과 신설

- 법무실에 사법시험을 관장할 법조인력정책과 신설 - 구치업무 병행 8개 대형교도소(대구,대전,안양,광주,전주,마산,의정부,춘천)에 출정과 신설 - 춘천출입국관리사무소 속초출장소 신설

- 김포출입국관리사무소를 인천공항출입국관리사무소로 이전 - 인천공항출입국관리사무소에 입국6과·출국6과 신설 (사무에 두는 과를 40개에서 42개로 조정) - 김포출입국관리사무소 도심공항출장소를 인천공항출입국관리사무소 도심공항출장소로 명칭변경

- 기획관리실장 밑에 기획검사 설치근거 규정 - 교화과장을 교회감으로 보할 수 있도록 함 - 출입국관리사무소에 두는 과를 37개에서 40개로 조정 - 서울외국인보호소를 화성외국인보호소로 명칭변경

- 법무부 기획관리실에 정보화담당관실 신설 - 법무부 보호국 조사과를 관찰과로 통합 - 보호관찰소 지소3개 신설(서울서부, 수원성남, 부산서부)

- 개방형임용제 실시를 위한 직제개정

- 검찰청 총무부를 기획조정부로 명칭변경 (정보화담당관을 정보통신과로 개편 ) - 사무국 통신과 폐지 - 중앙수사부에 컴퓨터수사과 신설 - 서울지검에 형사제7부 및 컴퓨터수사부 신설 - 인천지검에 제2차장검사 신설 - 울산지검에 형사제1부, 형사제2부, 공안부 및 특별수사부 신설